bubble_plot — 气泡图（bubble plot）

技能：气泡图生成器（bubble-plot） 基于基因表达矩阵数据，生成按细胞类型 × 癌种分组的气泡图（dot plot）。

何时使用： 用户上传 TSV/CSV 表达数据文件，并要求画气泡图、dot plot、泡泡图 用户说"画气泡图"、"bubble plot"、"dot plot"并提供了数据文件 用户提供数据文件和基因列表，要求可视化表达模式

常见触发词： 画气泡图 bubble plot dot plot 泡泡图 气泡图可视化 表达气泡图

执行清单：

• 检查数据与环境

确认用户提供了数据文件（TSV/CSV） 确认文件已下载到工作目录 确认 Python 3 + pandas + matplotlib 已安装（缺失时 pip3 install --break-system-packages pandas matplotlib）

• 了解数据结构

读取文件前几行，识别以下关键列： 角色 识别关键词 示例列名 细胞类型 majorCluster, cell_type, cluster majorCluster 组织类型 tissue, class, condition, group tissue 癌种 cancerType, cancer_type, disease cancerType 基因表达 所有数值型非元数据列 FOLR1, TACSTD2, MET ... 如果用户指定了基因列表，只画指定的 如果用户未指定，自动检测所有数值型非元数据列 将 Adjacent 等正常组织名称统一映射为 Normal

• 运行脚本

基本用法 — 自动检测所有基因 python3 skills/bubble-plot/bubble_plot.py 只画指定基因 python3 skills/bubble-plot/bubble_plot.py --genes FOLR1 TACSTD2 MET 自定义列名（如果自动检测失败） python3 skills/bubble-plot/bubble_plot.py --genes FOLR1 MET --cell-col CellType --cancer-col Disease 不按组织类型拆分 python3 skills/bubble-plot/bubble_plot.py --no-split-tissue 自定义输出目录和分辨率 python3 skills/bubble-plot/bubble_plot.py -o my_plots --dpi 600

• 输出文件

默认输出到 bubble_plots/ 目录 每个基因 × 组织类型 = 1 个 PNG（300dpi）+ 1 个 PDF 文件命名：{基因}_dotplot_{Normal|Tumor}.{png|pdf}

• 向用户报告结果

列出生成的文件清单和大小 如果有基因在数据中不存在，明确告知并跳过 展示 1-2 张关键图的预览

参数说明： 参数 默认值 说明 input 必填 输入 TSV 或 CSV 文件路径 --genes / -g 自动检测 要画的基因名列表 --cell-col 自动检测 细胞类型列名 --cancer-col 自动检测 癌种/疾病列名 --tissue-col 自动检测 组织类型列名 --split-tissue True 按组织类型拆分画图 --no-split-tissue - 不拆分，所有数据画一张 --outdir / -o bubble_plots 输出目录 --dpi 300 PNG 分辨率

图例说明： 气泡颜色：标准化平均表达量（0-1，红=高，蓝=低，RdBu_r 色谱） 气泡大小：阳性细胞百分比（该细胞类型中表达量 > 0 的比例）

自检： 数据文件是否已确认下载到本地 基因列名是否与数据中一致（区分大小写） tissue 列中 Adjacent 是否已映射为 Normal 输出是否包含 PNG 和 PDF 两种格式 缺失的基因是否已告知用户