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Biomedical Paper Writing 技能

Produces publication-ready English biomedical manuscripts (or Chinese theses) from drafts using python-docx.

核心工作流（必读） Phase 1: 接收与分析 用户提供中文草稿/大纲 → 确认论文类型（见下） 识别所有数据（统计值、样本量、引用编号） 立即执行引用预验证：将参考文献列表中的每一条与PubMed核对，标记无法验证的条目 如有引用缺失/无法验证 → 先补充验证，再生成正文 Phase 2: 生成正文 按论文类型套用标准结构模板（见本文档各类型模板） 所有统计数据（β/OR/RR/AAPC/95%CI/p值）必须原文照录，不得编造 引用编号全程追踪：记录"引用编号映射表"（见下方规范） Phase 3: 生成参考文献 按 Vancouver 格式逐条生成引用（见"引用生成规范"） 引用编号以正文中的实际使用为准，不沿用草稿中的旧编号 参考文献单独存 docx，并附加"引用编号映射表"说明文件 论文类型与模板 Type 1: GBD 流行病学（疾病负担趋势分析） 模板文献: SIICI (Neuroblastoma Asia, GBD 2023) 数据: GBD database (ghdx.健康data.org) 方法: Joinpoint Regression, EAPC/AAPC, ASIR/ASMR/DALYs 关键词: Neuroblastoma; Neonate; Disease burden; Incidence; Mortality; DALYs; Asia 表格: 4张（按地区/SDI/性别/年龄分层） 图片: 5张（趋势线、choropleth地图） 伦理: GBD IRB豁免（University of Washington） 必须注明: ICD-10 和 ICD-9 代码 Type 2: 队列 / 登记数据库分析 模板文献: CHARLS (Social participation & diabetes) 数据: CHARLS, NHANES, MIMIC, SEER, FAERS 等 方法: K-means聚类, 记录istic/linear回归, Cox比例风险, 亚组分析 关键词: social participation; [disease]; incidence; [database]; K-means; mediation analysis 表格: 4–13张（描述性统计、聚类轮廓、回归结果、亚组分析） 图片: 5–17张（ROC曲线、K-M曲线、聚类轮廓、趋势图） 伦理: 豁免IRB（去标识数据） Type 3: 交叉横断面 / 中介分析 模板文献: GBS (Phthalates, SII, cognitive function) 数据: NHANES, 横断面调查 方法: Linear/记录istic回归 + 中介分析（bootstrap N=1000） 关键词: phthalates; 系统ic inflammation; 系统ic Immune-Inflammation 索引; cognitive function; older adults; mediation 表格: 4张（人口学特征、回归β+95%CI、中介分解） 关键指标: SII = 血小板×中性粒细胞/淋巴细胞; SIRI = 中性粒细胞×单核细胞/淋巴细胞 Type 4: 学位论文（中文，硕士/博士） 语种: 中文（正文）+ 英文摘要 格式要求: 依各院校研究生院规范；正文宋体小四，英文Times New Roman 12pt 章节结构: 前言 → 资料与方法 → 结果 → 讨论 → 结论 → 参考文献 引用格式: 顺序编码制（与期刊Vancouver相同格式） 字数要求: 硕士论文 ≥3万字，博士论文 ≥5万字（各校标准） 核心规范: 不可有占位符（如"[此处补充数据]"）；表格内数据须与正文一致 引用预验证工作流（最关键环节） 操作步骤 Step 1: 提取用户提供的参考文献列表（全部条目） Step 2: 对每一条执行 PubMed 搜索或 batch_网页_搜索 查询格式: "[第一作者] [期刊缩写] [发表年]" 或 "PMID: XXXXXXXX" Step 3: 标记结果: ✅ VERIFIED (PMID匹配) → 可直接使用 ⚠️ NEEDS_REVIEW → 作者/年份/期刊有偏差，需修正后使用 ❌ NOT_FOUND → 无法验证，必须替换为可验证的真实文献 Step 4: 如有 NOT_FOUND 条目: → 搜索同一研究领域3年内（≤3年）的高质量真实文献替代 → 记录替换原因（如：原引用#14 [虚构]，替换为 Li M等 Syst Rev 2024;13:171） Step 5: 生成最终"引用编号映射表"（见下）

引用编号映射表（每次必须生成）

引用编号映射表

旧编号	新编号	作者	期刊	年份	PMID	备注
#1	#1	Lei J等	Lancet Reg 健康 West Pac	2024	—	替换（原文虚构）
#8	#2	Lei J等	Lancet Reg 健康 West Pac	2024	—	与#1合并/替换
#14	DEL	—	—	—	—	删除（虚构引用）
#15	#14	Li M等	Syst Rev	2024	—	重新编号
...	...	...	...	...	...	递进

⚠️ 重要教训：PRISm大论文（2026-03-22）中，草稿含虚构引用（#14等），导致引用需全面重编。以后所有任务必须先验证再使用，任何无法PubMed查证的引用必须替换。

标准摘要格式（所有类型通用） Objective: To [verb] whether/how [exposure/topic] [association] in [population] [using data from] [database].

Methods: [Study de签名], [N] participants/records from [database, year range]. [Key inclusion criteria]. [Statistical methods: clustering/regression/etc.]. [Mediation/stratification if 应用licable].

结果s: [MAIn cluster/性能分析 finding] (n=%, n=%). [Key association with OR/β, 95% CI, P-value]. [Subgroup findings]. [Mediation 结果] (ACME proportion %).

Conclusion: [MAIn finding]. [Mechanism/pathway implication]. [Policy/practice recommendation].

字数: 250–350词 摘要内不使用小标题（无"Background:", "Methods:"等） 标准前言格式（4段递进结构） Paragraph 1 — 疾病/暴露负担: [疾病/暴露]是一种[定义]。[全球/国家患病率，趋势]。[临床意义]。

Paragraph 2 — 流行病学背景: 流行病学研究表明[模式]。[主要危险因素]。[近期变化：COVID-19、老龄化等]。

Paragraph 3 — 研究缺口: 尽管[已有知识]，但[缺口：缺乏比较/中介/预测研究]。[地区/数据库比较]有限。

Paragraph 4 — 研究目的: 利用[数据库]，本研究旨在：(i) [目的1]；(ii) [目的2]；(iii) [目的3]。(如为学位论文，还需详述各章安排。)

标准方法格式 GBD 方法 所有数据均从公开可用的 GBD [年份] 数据库获取（http://ghdx.健康data.org/gbd-结果s-工具）。 GBD研究整合了多个流行病学数据来源——包括人口登记、调查、已发表文献、 医院记录和死因数据——并采用标准化建模框架生成跨国跨时期的可比负担估算。 [疾病]采用 ICD-10 代码 [X] 和 ICD-9 代码 [Y] 进行识别。 [结局]提取自[国家]，时间为[年份]：[列举结局]，均以每10万人表示， 并按GBD全球标准人群进行年龄标准化。 本研究使用公开可用的去标识化汇总数据，已获得华盛顿大学机构伦理审查委员会豁免； 无需额外伦理审批。

队列 / 登记数据库方法 本研究为[回顾性/前瞻性] [队列/登记]研究，利用[数据库名称][年份范围]数据。 [纳入标准]: [N]名参与者/记录符合[临床/人口学标准]。 [排除标准]: [因X原因排除的记录数]。 [暴露/干预]: [按X标准定义]。 结局由[临床标准/ICD代码]定义。 统计分析：[回归类型]，调整[协变量]。亚组分析按[因素]分层。 [中介/因果分析]采用[方法，bootstrap N次]。 所有分析使用[软件，版本号]完成。

交叉横断面中介方法 本研究为横断面研究，分析[数据库，年份范围]中[N]名[年龄范围]参与者的数据。 [暴露变量]的测量方式/定义：[详述]。 [中介变量]采用[公式/检测方法]评估。 [结局]采用[量表/测试]评估。 关联性采用[linear/记录istic]回归分析，调整[协变量]。 中介分析采用[Hayes PROCESS宏/bootstrap方法]，bootstrap样本数[N]。

标准结果格式 共纳入[N]名[参与者/记录]。[描述性发现]。

[主要发现]：[关联性，含β/OR/RR、95%CI、P值]。

[次要发现]：[亚组/分层结果]。

[中介发现]：[中介变量]显著中介了[关联性]（ACME=[值]，95%CI=[范围]，P=[值]；中介比例=[%]）。

[表X–X]展示了[具体结果]。

统计报告规范（严格遵守） 格式: OR=0.77 (95% CI: 0.65–0.91, P=0.002) 或 β=−0.13 (95% CI: −0.21 to −0.05, P=0.001) P值保留3位小数（不是"P < 0.05"，而是"P=0.043"） 样本量: n=1,234 (45.6%) 禁止使用占位符如 [此处数据] 或 [待补充] 标准讨论格式（5个子节）

• 主要发现

本研究利用[数据库]提供了[首个/最全面的][主题][分析]。 主要发现表明[主要关联性，含统计数据]。

• 机制解读

该发现可能由[机制/通路]解释。 [引用文献]提供了支持证据。

• 与其他研究比较

与[作者，年份]的研究结果一致，该研究报道了[发现]。 相比之下，[作者，年份]发现了[不同结果]，这可能归因于[原因]。

• 局限性（≥4条，学位论文要求≥5条）

本研究存在以下局限性。第一，[GBD: 模型不确定性] / [队列: 回忆/报告偏倚] / [横断面: 因果推断受限]。第二，[生态学研究设计